Актуальность. Сибирский федеральный округ (СФО) вносит основной вклад в формирование заболеваемости детского населения России клещевым энцефалитом (КЭ). В период с 2000 по 2020 г. доля детей до 14 лет в структуре заболеваемости КЭ в СФО составляла в среднем 14,5%, или 225 случаев ежегодно. Несмотря на доступность вакцинации и серопрофилактики КЭ, наличие случаев болезни среди детей определяет необходимость совершенствования системы превентивных мероприятий. Цель: определение эффективности специфической профилактики КЭ детей различных регионов СФО. Материалы и методы. Для анализа использованы данные служб здравоохранения и Роспотребнадзора в регионах СФО, форм статистического учёта № 5 «Сведения о профилактических прививках». Обработка данных проводилась в программе «Statistica 13.3», включая расчёт интенсивных показателей, ошибок репрезентативности, корреляций. Результаты. В течение периода с 2000 по 2020 г. средний многолетний показатель заболеваемости КЭ среди детского населения СФО составил 6,1 ± 1,10/0000 (p < 0,001). Включение в региональные календари прививок по эпидемическим показаниям вакцинации против КЭ позволило в 2000-2020 гг. обеспечить охват в объёме 72-95% подлежащего вакцинации детского населения СФО. Объём серопрофилактики среди детей в возрасте до 14 лет в данный период возрос с 408,1 ± 1,22 до 518,4 ± 1,410/0000 (p < 0,001). Проведённый факторный анализ выявил наличие обратной корреляции средней силы между показателями иммунной прослойки среди детского населения и заболеваемостью КЭ (r = -0,48; p < 0,001). Выводы. С учётом регистрации в СФО случаев КЭ среди не охваченных вакцинацией и серопрофилактикой детей, пострадавших от укусов клещей, для повышения эффективности специфической профилактики КЭ необходима своевременная корректировка численного состава подлежащих вакцинации групп.