Актуальность. Устойчивые тенденции ухудшения состояния здоровья детей на всех этапах школьного онтогенеза обусловливают поиск научно обоснованных профилактических технологий для снижения рисков развития школьно-обусловленных заболеваний. Цель: определить приоритетные направления факторной профилактики в системе школьного здравоохранения для формирования здоровья обучающихся. Материалы и методы. В исследовании использованы теоретические (экспертиза и анализ информации) и экспериментальные (наблюдение, тестирование) методы исследования. Результаты. На основе экспертно-аналитического исследования установлены негативные эффекты длительного положения сидя в процессе образовательной деятельности и во время пассивного досуга с активным использованием различных гаджетов. К ним относятся: 1) относительно длительное фиксированное положение головы и, как следствие, снижение активности вестибулярной системы, которая обеспечивает сенсорную интеграцию в процессе восприятия учебной информации, определяя успешность обучения; 2) повышенная зрительная нагрузка в режиме фиксированного ближнего видения, приводящая к нарушению зрения; 3) нарушение физиологических изгибов позвоночника за счёт сглаживания шейного и поясничного лордозов и кифозирования туловища; 4) закрепощение мышц, особенно грудных мышц, негативно влияющее на функции внешнего дыхания; 5) ослабление мышц голени и стопы, приводящее к формированию плоскостопия. В качестве примера представлены данные анализа значений жизненного индекса у 265 младших школьников, выполнивших тест на оценку закрепощения грудных мышц в полном объёме (48,65 ± 0,76 мл/кг) и не выполнивших его (45,83 ± 0,83 мл/кг; p = 0,014). Для профилактики установленных негативных эффектов в современной системе образования внедряются инновационные проекты («Активные школы», «Динамический урок», «Активная рекреация», «Динамический режим обучения сидя-стоя»). Заключение. Факторная профилактика направлена на оценку эффективности и контроль здоровьесберегающей деятельности образовательных организаций, интеграцию превентивных технологий в учебный процесс.