Актуальность. Изучение состава микробиоты кишечника и секреции инкретинов при ожирении у детей позволяет уточнить патогенез развития ожирения и его осложнений. Цель: провести сравнительный анализ количественного и качественного состава микробиоты биотопа тонкого кишечника и секреции гастроинтестинальных гормонов: глюкагоноподобного пептида-1 (GLP-1) и глюкагоноподобного пептида-2 (GLP-2) у детей в зависимости от массы тела. Материалы и методы. Исследования микробиоты кишечника методом газовой хроматографии в сочетании с масс-спектрометрией (ГХ-МС) и определение уровня GLP-1, GLP-2 в сыворотке крови методом ИФА проведены у 74 детей с индексом массы тела 2,9 (2,4; 3,4) (основная группа) и 44 условно здоровых детей без избытка массы тела (контрольная группа), сопоставимых по полу и возрасту, с последующим использованием статистических программ «SPSS 23.0» («IBM SPSS Statistics»). Результаты. При исследовании биотопа тонкая кишка у детей с ожирением по сравнению с группой контроля на фоне увеличения общей бактериальной нагрузки преобладающим типом (филом) был Fermicutes, фил Actinobacteria был представлен в меньшем процентном соотношении, а тип Proteobacteria регистрировался лишь в единичных случаях. Кроме того, в основной группе детей установлено снижение количества бактерий Alcaligenes spp. (у 56%; p = 0,003), Lactobacillus spp., Eubacterium spp., Prevotella spp., увеличение Candida spp. у 41% пациентов (p = 0,018), снижение Micromycetes spp (кампестерол) у 24% (p = 0,002). Маркеры вируса Эпштейна-Барр у 9% и Herpex simplex у 32% пациентов с ожирением регистрировались достоверно чаще по сравнению с контролем (p = 0,021 и p = 0,046 соответственно). Уровни GLP-1 составили 20 пг/мл (18,0; 24,4) и 31,1 пг/мл (24,5; 36,1; p = 0,001), GLP-2 - 106,1 пг/мл (90,3; 163,7) и 736,7 пг/мл (464,8; 881,2; p < 0,001) у детей основной и контрольной групп соответственно. Выводы. Общей характерной чертой для детей с ожирением являлось снижение бактериального разнообразия кишечной микробиоты на фоне увеличения количества маркёров грибов рода Candida spp. и вирусной нагрузки (вирус Эпштейна-Барр, Herpex simplex) и сопровождалось значимым уменьшением секреции инкретинов (GLP-1, GLP-2). С учётом того, что GLP-1, GLP-2 продуцируются L-клетками, располагающимися в тощей и подвздошной кишке, полученные данные позволяют полагать, что нормализация состава микробиоты может быть способом восстановления инкретиновой секреции.